Isso acontece o tempo todo ou apenas às vezes?
Se isso acontecer apenas algumas vezes, você pode tentar individualmente pressionar todas as teclas de opção do seu teclado algumas vezes.
Às vezes, o Synergy faz com que algumas das teclas de opção do teclado (geralmente ALT no Windows) fiquem presas e isso pode causar problemas aleatórios, como o que você está descrevendo.