Eu não tenho experiência com a Nintendo Wireless (se alguém quiser comprar algum equipamento da Nintendo para testá-lo, não me importo de ganhar experiência!).
No entanto, se você está tentando restringir as conexões sem fio pelo hostapd, eu tenho experiência com isso:
Edite seu arquivo hostapd e adicione as seguintes linhas:
macaddr_acl=1
accept_mac_file=/etc/hostapd/hostapd-mac.accept
Se você já tiver definido a linha de cima como 0, mude para 1.
Em seguida, crie o arquivo /etc/hostapd/hostapd-mac.accept
e coloque o endereço MAC do seu dispositivo lá.
Endereços MAC podem ser falsificados, mas isso deve impedir a conexão da pessoa comum.
Para segurança adicional e sua pergunta, você realmente precisa saber exatamente a que hosts seu dispositivo Nintendo se conecta e restringi-los, pois qualquer tipo de Internet aberta está sujeita a abusos - mesmo que você bloqueie DNS, eu sempre posso me conectar a um VPN via IP somente e depois túnel fora ...