Não há uma boa maneira automatizada de fazer isso, infelizmente, isso é devido ao fato de que existem muitas pessoas como eu que usam alguns programas tanto do GNOME como do KDE. Pessoalmente eu escolho meu ambiente de desktop baseado no qual precisa melhor, então use cada programa baseado em seu mérito independentemente de se eles são kde gnome ou outros. Sim, isso causa algumas pequenas inconsistências, mas se você definir as duas para usar o mesmo tema ou um tema gnome-kde, elas são apenas pequenas.
Para responder à sua pergunta, existe uma maneira de fazer isso manualmente, quando você instala o "KDE" ou instala o "gnome" o que você realmente faz é instalar um padrão, tudo isso é uma lista de outros programas para instalar. Se você for ao gerenciador de software no YAST e selecionar a guia Padrão, poderá ver todos os programas nos respectivos padrões e desinstalá-los manualmente, no seu caso provavelmente os padrões de ambiente do KDE4 Base System e KDE4 Desktop. Você deve notar que existem programas como o firefox que não são programas kde ou gnome e provavelmente estão presentes nos padrões do KDE e do Gnome