Defina o prompt personalizado de root em seu .bash_profile , não no perfil do usuário comum.
Geralmente esta é a configuração padrão, sem ter que editá-la manualmente.
Observe que quando você usa su sem argumentos,
ele não lê arquivos rc do root , é por isso que o prompt não muda.
Para tornar su ler os arquivos rc de root , use su - (com um traço como parâmetro).
Dessa forma, normalmente, você deve ver o prompt personalizado de root em vez do usuário.