Você pode emparelhar um R9 com o APU, mas você não poderá tirar proveito de alguns de seus recursos mais avançados, como VCE, áudio DVI, Trueaudio enquanto estiver em fogo cruzado com o APU. E isso não fará uma grande diferença no desempenho tendo essa configuração ou um R9 autônomo, enquanto certamente aumentará o risco de incompatibilidade de aplicativos.
Quando eles "recomendam" esse cartão, acho que é maximizar a relação preço / eficiência / compatibilidade.