O wiki do FFMPEG tem uma página sobre isso: link
Longa história curta:
ffmpeg -i input.avi -c:v mpeg4 -vtag xvid output.avi
Existem, obviamente, diferentes níveis de suporte em diferentes dispositivos. Esta troca de e-mail sobre um dispositivo muito limitado parece apontar para um padrão de nível mais baixo (use se você não pode testar o dispositivo de antemão):
ffmpeg -i input.mkv -sn -c:a libmp3lame -ar 48000 -ab 128k -ac 2 -c:v libxvid -crf 24 -vtag DIVX -vf scale=640:480 -aspect 4:3 -mbd rd -flags +mv4+aic -trellis 2 -cmp 2 -subcmp 2 -g 30 -vb 1500k output.avi