Os Nightlies são uma 'cortesia' para os testadores, para evitar que eles tenham que fazer sua própria compilação a partir do repositório todos os dias. Os lançamentos estáveis são os que estão na "página inicial" da estrutura de qualquer organização, para uso do consumidor.
O número da compilação é o número de confirmações para o repositório de código - o próprio número pode ser desde a última bifurcação, ou desde o último grande número de revisão 2.0.0 etc, dependendo de como esse repositório específico é organizado.
Para o VLC, as versões mais recentes são
vlc-2.2.0-20140913-0202 / 2014-09-13 02:45 [revisão 202 da versão estável 2 (ou talvez 2.2, é difícil dizer), 13 sept, 2014]
&
vlc-3.0.0-20140913-0005 / 2014-09-13 01:10 [revisão 5 da versão 'alfa' 3, 13 sept, 2014]
2.2.0 build 202 serão ajustes leves desde a última versão estável, pequenas correções de bugs, etc. 3.00 build 5 poderia ser qualquer coisa - grandes mudanças de interface, atualizações de codecs ... você teria que olhar para o repositório ou sua documentação publicada para adivinhar.