Hum, fácil. Basta executá-lo de duas formas, excluindo arquivos mais antigos:
@ECHO OFF
ECHO Two way mirror between %1 and %2, continue?
PAUSE
robocopy %2 %1 /E /DST /FFT /XO /XJ
robocopy %1 %2 /E /DST /FFT /XO /XJ
Isso deve preservar a cópia mais recente, se houver arquivos em ambos os locais. Eu uso / DST e / FFT porque diferenças de carimbo de data / hora NTFS / FAT32 geralmente causam falsas comparações inválidas de outra forma. Eu também excluo pessoalmente Thumbs.db, desktop.ini etc.
Se você quiser excluir arquivos não existentes, você deve decidir qual é o local "principal", colocá-lo na segunda linha e alterar / E para / MIR. Eu acho que a sua idéia de saber se um arquivo foi excluído de um ou de outro ao invés de um simplesmente não ter um arquivo que o outro tem é impossível sem algum tipo de rastreamento que está além do que o robocopy pode fazer.