Você não pode (tanto quanto eu sei) dizer ao notepad ++ para não contar algumas linhas. Mas se você não se importa em usar um truque sujo, você pode explorar o fato de que linhas muito longas são exibidas visualmente em linhas múltiplas. Portanto, adicionar muitos espaços em branco permite que você insira novas linhas visuais não numeradas.
Para o problema de cor, você pode simplesmente criar sua própria regra de idioma de destaque de sintaxe (estes são arquivos de configuração). Duplique o python e vá verificar a regra que se aplica aos comentários. Você pode fazer uma versão modificada desta para criar uma outra forma de comentários (cuidado, isso é apenas visual, você não poderá mais executar este arquivo).
Se eu sugerir que provavelmente é melhor usar um editor markdown / Latex que tenha uma tag para mostrar o código e a sintaxe do hightlightning (e pode numerar linhas somente de código e nenhuma outra) ou simplesmente ir com comentários em arquivos de código clássicos . (mesmo que no seu caso uma regra de hightlightning personalizada para comentários alternativos, colorida de forma diferente, e se você estiver motivado, você pode "ocultar" a tag de início de linha com um clode de cor para o plano de fundo.