Você só pode especificar onde colocar a bandeja. Você não tem poder para qual ícone vai onde (ou lista negra um ícone como na unidade).
Você pode especificar em qual monitor (ou mesmo barra) a bandeja deve estar (como eu entendi corretamente somente em uma barra, a bandeja pode mostrar ícones). Há uma possível condição de corrida, então eu sugiro especificar em qual barra você quer e / ou não quer uma bandeja.
a configuração para isso está na seção bar {...}
em .i3/config
bar {
tray_output primary # as specified in xrandr
# or
tray_output LVDS-0 # to pin to specific display
# or
tray_output none # to specify on other bar to not show icons in event of race condition
}