O esquema de cores do seu terminal tem cinza escuro no slot "preto". (O restante do terminal é realmente preto porque o fundo padrão é um slot completamente separado.) Essa costumava ser a configuração padrão no Terminal GNOME até a versão 3.12.
Vá para "Editar → Preferências de perfil", abra a guia "Cor", encontre os 16 espaços de esquema de cores e altere o slot "Preto" para ter preto real.
(Alternativamente, não solicite o plano de fundo preto no prompt em primeiro lugar . Não há necessidade de fazê-lo, pois o seu prompt atual nunca muda o plano de fundo de preto de qualquer maneira.)