Uma maneira de fazer isso seria alias ao comando python para usar o anaconda em vez de mudar seu caminho. Em vez de alterar seu caminho, tente adicionar:
alias python="/opt/anaconda"
para o seu arquivo .bashrc. Isso deve fazer com que o anaconda só seja executado quando você digitar "python" no terminal, não quando algo mais tentar usá-lo. (alguém me corrija se eu estiver errado, mas isso deve funcionar)