Você pode fazer três coisas com os computadores:
1) Desabilite as portas USB no BIOS e bloqueie o BIOS com uma senha administrativa. Isso não impedirá a reinicialização do BIOS, mas isso se torna um problema de política (ou seja, obviamente, os alunos não devem ter permissão para abrir os casos).
2) Desconecte os conectores USB da placa-mãe. Isso os desativa completamente. Como no primeiro item, se o caso puder ser aberto, os cabeçalhos poderão ser conectados novamente, mas nada interromperá uma determinada tecnologia;)
3) Revoga o acesso USB a partir do Windows. Existem maneiras de contornar isso (live CD), mas isso provavelmente seria o mais fácil.