Você não precisa fazer o download de nada porque já está baixado!
Quando você conecta o cliente do OneNote ao OneDrive, SharePoint ou outro local de rede, o OneNote armazena em cache uma cópia local e mantém os dois em sincronia.
Se você quiser parar de usar o OneDrive para manter a versão master, clique com o botão direito do mouse no bloco de anotações na lista de blocos de anotações do OneNote, selecione as propriedades e, em seguida, "Alterar local". Você pode colocar onde quiser.
Tenho blocos de anotações no OneDrive (atualmente só tenho um bloco de anotações para usar a nova API usada por diversos aplicativos iOS, por exemplo), o SharePoint (para notebooks comerciais) e o NAS da minha casa (um Synology que tem um cliente de sincronização semelhante ao Dropbox).