Eu sei que isso já passou um bom tempo e você pode ter encontrado uma solução, mas para o registro, vou postar uma resposta.
Embora você não possa inicializar um GPT no BIOS da BIOS, você pode alterar o USB para uma tabela de partição MBR, atualmente é GPT.
NOTA - Eu acredito que promover software é contra regras, mas não há outra maneira de eu postar uma solução, esses softwares são freeware.
Você pode fazer isso em vários sistemas operacionais:
Windows : Partição AOMEI que permite alterações na tabela de partições. Existem também alguns pequenos utilitários USB que permitem formatos de baixo nível e tabelas de partições, uma rápida pesquisa no Google deve listá-los.
Linux : Você pode usar o Gparted que também é o aplicativo de gerenciamento de disco goto para Linux
Existem também algumas opções de CD ao vivo, mas, novamente, quem usaria isso para mudar um flash?
Espero que isso ajude