Parece que você 'corta' os arquivos para a outra unidade (em vez de 'Copiar') e, no meio da operação, o disco ficou sem espaço.
A menos que você aperte o botão "Excluir", nenhuma de suas fotos deve ter desaparecido. Seus arquivos ausentes provavelmente estão armazenados na segunda unidade, que é a unidade que avisou que está cheia.
A longo prazo, talvez você queira investir em algumas unidades de armazenamento grandes (1 ou 2 TB) para armazenar seus arquivos. Trocar arquivos de / para discos rígidos muito cheios não resolverá o problema a longo prazo.
* - Obtenha dois e duplique os arquivos entre eles. Dessa forma, você tem uma unidade de backup se uma delas morrer.