A única solução que encontrei até agora é a seguinte:
- extraia a fonte do arquivo PDF com FontForge ;
- modifique o mapa manualmente e exporte a fonte como ttf;
- adicione o ttf no Windows em todo o sistema;
- abra o PDF no editor Infix PDF (a versão de avaliação está correta) e corrija o mapa da fonte;
- no Infix substitua a fonte pela versão corrigida no FontForge;
- salve o PDF (e, opcionalmente, remova a marca d'água sempre criada pela versão de teste do Infix).
Melhores sugestões são bem-vindas.