Você está procurando a opção -t . A Ajuda Online do MySQL diz sobre -t :
Display output in table format. This is the default for interactive use, but can be used to produce table output in batch mode.Então, quando você executa o mysql a partir de um prompt, você obtém o formato de tabela legal, mas quando você executa no "modo batch" (por exemplo, dentro de um script, ou neste caso com
watch ), você não obtém formatação sem usar o -t . O que você deseja é provavelmente alguma variação disso: watch -n 1 'mysql -t -e "describe table" database' , que retornará as tabelas bem formatadas.