Eu vejo que há alguns pacotes python3-pyqt5 para sua distribuição: ( link ). Talvez seja mais simples instalá-lo desta maneira.
Além disso, talvez você queira usar o comando "python", provavelmente chama uma versão incorreta do python (verifique se você tem apenas uma versão ou mais e se essa é a versão necessária pelo pyqt5).
Por exemplo, eu tive que compilar / instalar duas vezes: uma para python-2.7 e outra para python-3.4. Eu uso PyQT5 com python-3.4 e PyQT4 com python-2.7. Para chamar o bom comando python, eu usaria no seu caso: python3.4 configure.
Se isso não funcionar, acho que há alguns problemas de compatibilidade.
Neste caso, basta marcar tudo e voltar para a instalação do primeiro passo (de todos os pacotes necessários: python, QT e dependências).