O problema certamente é que o binário openjk.i386 certamente espera alguns arquivos em seu diretório. Mas o binário assume que o seu diretório é ~/Desktop/ , onde os arquivos necessários não são encontrados.
Eu recomendaria usar um script muito pequeno em vez de um link simbólico. Por exemplo. deve ficar assim:
#!/bin/sh
cd /pathToBinary/
./binary $@
Nomeie o arquivo JA e torne-o executável com chmod a+x JA .
Explicação: O $@ garante que, se o seu script for iniciado com argumentos, eles serão encaminhados para o binário real.