Esse problema ocorre apenas quando o trem está em movimento? Eu sugeriria que a vibração rápida do trem está fazendo com que o trackpad esteja recebendo muitos dados "fantasmas".
Por exemplo, seu pulso pode estar normalmente fora do alcance, mas conforme o trem balança, momentaneamente ele estará perto o suficiente para o trackpad detectar.
Eu corro o Ubuntu em um MacBook Air - e às vezes o uso em um trem - e não é um problema que eu encontrei.
Se isso acontecer quando o trem estiver parado em uma estação, tente reduzir a sensibilidade do seu trackpad
xinput --set-prop 12 "Synaptics Finger" 50 80 257
(mas o número do seu dispositivo pode ser diferente, execute xinput --list
para ver qual deles usar).