Você provavelmente tem muitos arquivos em /tmp . Como o disco estava cheio na inicialização, você pode ver que tmpfs foi montado em /tmp para que você possa gravar algo nesse local. O comando du não pode ver o que está lá porque esse tmpfs está no caminho. Você pode contornar isso montando bind / em algum lugar para que você possa olhá-lo sem nenhum dos outros pontos de montagem no caminho:
sudo mount --bind / /mnt/foo
du -xh --max-depth=1 /mnt/foo