O link do Statet indica um suporte dos documentos R Markdown da versão 3.5.1. Eu tentei e funciona. Você precisa configurar o statet para knitr, nas configurações da ferramenta externa, selecione Run commands in active R console e cole
require(knitr)
knit(input= "${resource_loc:${source_file_path}}")'
Quando você executa o comando, o documento será convertido de rmd para um documento markdown (md). Se você baixar o editor de texto markdown mais recente para o eclipse, poderá gerar vários formatos usando o clique com o botão direito do mouse > Wikitexto > generate html