Agora eu tropecei na solução sozinho. O problema é causado por uma atualização do mod_fcgid que alterou as diretivas usadas nas configurações do vhost. As alterações podem ser vistas aqui (é sobre isso que me deparei).
A diretiva
FCGIWrapper /var/www/example.com/php-fcgi/php-fcgi-starter .php
deve ser alterado para
FcgidWrapper /var/www/example.com/php-fcgi/php-fcgi-starter .php
A documentação diz
"All directives have been renamed in order to use a common prefix "Fcgid". Underscores in directive names have been eliminated in favor of CamelCase. The old directive names will still work but are deprecated. To fix your configuration you can use the sed script build/fixconf.sed."
mas parece que os antigos nomes de diretivas não funcionam mais por enquanto. As mudanças fizeram o truque para mim, talvez isso ajude alguém.