autor de f.lux aqui.
Atualmente, não temos uma maneira de salvar essa configuração, pois a combinação de escurecimento da luz de fundo e escurecimento do software pode deixar seu computador muito escuro durante o dia (tão escuro que você provavelmente não conseguiria usar o computador). à mão por enquanto.
Pensaremos em algumas maneiras de sermos mais inteligentes sobre isso e talvez restaurá-lo nos casos em que fizer sentido (quando você estiver menos propenso a estar em uma sala iluminada, por exemplo).