cmp é a ferramenta que você provavelmente está procurando: compara dois arquivos byte por byte, lendo um bloco de cada vez. Assim que encontra uma diferença, ela se libera. É, portanto, mais rápido (não requer a leitura de arquivos inteiros quando eles diferem) e mais confiável (na verdade, executa uma comparação byte por byte) do que a soma de verificação. Também é mais rápido que diff , já que não requer uma compilação complexa para mostrar onde os arquivos são diferentes.
Você poderia facilmente escrever um pequeno script para recapitular seus dois diretórios e produzir resultados com base na quantidade de arquivos (ou em seu tamanho cumulativo) processados.