Isso pode realmente ser um recurso da sua placa-mãe para melhorar os tempos de inicialização. Minha nova placa-mãe (Asus Z87-Pro) tem isso como um recurso específico a ser ativado:
Você pode limitar o UEFI / BIOS a somente ler / inicializar unidades de inicialização conectadas a portas SATA conhecidas.
Portanto, se eu conectar outra unidade, terei que inicializar e desligar uma vez para que ela apareça no menu de inicialização, já que inicialmente ela não é detectada (já que não é conhecida por ser inicializável).