se você quiser usar uma máquina virtual, instale o vmware player ou o VirtualPC e crie uma máquina virtual a partir disso.
se você quiser uma inicialização dupla real, exclua a segunda partição do gerenciamento da unidade (COPIE TODOS os dados em um disco removível / em um local seguro) e reinicie a instalação do Windows Server a partir do CD de inicialização. Quando ele perguntar "onde" para instalá-lo, selecione o espaço vazio e crie uma nova partição. Em seguida, selecione a partição recém-criada