No seu caso, dado que as duas unidades são do mesmo tamanho, é muito fácil, mas você terá que usar uma distro ao vivo (Ubuntu?) para fazer isso. A razão é que os discos precisam ser desmontados para serem clonados e, é claro, se você iniciar seu PC a partir de um dos HDDs, este disco rígido não poderá ser desmontado.
Inicie o seu PC a partir do pendrive USB com o Ubuntu e escolha a opção "Experimentar o Ubuntu sem instalá-lo". Agora, supondo que seu pendrive seja / dev / sdb, seu HDD de sistema é / dev / sda, e o disco de backup é / dev / sdc, execute este comando como sudo, de um terminal
dd if=/dev/sda of=/dev/sdc
aguarde a conclusão, desligue o computador e pronto.
O importante é: certifique-se de que o disco a ser copiado seja / dev / sda e o backup seja / dev / sdc. Se não estiverem, altere o comando de acordo.