Os controladores RAID internos permitem que você escolha quais discos usar na matriz RAID. Ou seja, eu não vi nenhum que havent.
O problema será garantir que você selecione os discos certos. Muitas placas-mãe têm várias conexões SATA, algumas especificamente para RAID. Gostaria de verificar o manual e remover a unidade de inicialização, criar o RAID e reconectar a unidade de inicialização. Você deveria estar bem para ir.
Além disso, você poderia usar uma placa PCI RAID, se você não estiver preocupado com velocidade, apenas redundância.