Como você mesmo diz, o PCI Express tem uma largura de banda muito maior, especialmente se você usar várias faixas. Se você só precisa conectar dispositivos USB 2.0, então não precisa de largura de banda adicional, então PCI seria o suficiente. Se você pode aproveitar o USB 3.0 (talvez no futuro), vá para PCI Express / USB 3.0. Se você deseja anexar discos USB 3.0, várias faixas podem ter uma pequena vantagem. O USB 3.0 não deve ser um problema com dispositivos USB 2.0, por isso não é uma razão para o USB 3.0.