Se seus backups em nível de arquivo, eu uso sincronização de bitorrent . Você instala um cliente em ambas as extremidades (a versão Arm executa em um pi, com um webui), gera uma chave de sincronização e um caminho para backup (que pode ser de uma maneira ou de duas maneiras) e copia a chave para a máquina desejada para sincronizar e definir um local de salvamento. Em seguida, ele lida com backups automaticamente sem intervenção.
Você quer o variante de ARM do Linux no seu pi de framboesa
Faça o download, descompacte-o e execute ./btsync - você pode acessar o webui em: 8888 - e defina um nome de usuário e uma senha nas preferências - > menu de autorização.
Da mesma forma, instale o cliente no Windows.
Não sei ao certo como ele lida com arquivos grandes parcialmente alterados, mas é bastante rápido e eficiente em geral.