Pode não estar totalmente claro na saída de compact /? , mas quando você usa compact /c C:\somefolder , somente o atributo compactado da pasta é definido, enquanto os arquivos dentro da pasta mantêm seu atributo compactado atual inalterado.
O que você quer fazer é:
compact /c Folder1
cd Folder1
for /f "delims=" %i in ('@dir /b /s /a:d') do compact /c "%i" .
Se você pretende mais tarde compactar todos os arquivos, repita os dois últimos comandos, mas omita o /a:d .