Da próxima vez que você quiser mesclar algumas alterações do tronco para atualizar sua cópia de trabalho, se você selecionar "intervalo de revisões", mas deixar o intervalo vazio, normalmente fará a coisa certa para você. Ou você pode escolher várias revisões em uma caixa de diálogo "mostrar log" correspondente a todas as revisões desde sua ramificação, se preferir.
Para consertar sua situação atual, acho que você (na verdade) transformou o tronco em um ramo reintegrado e, portanto, "morto". Felizmente, existem maneiras de consertar o ramo para mantê-lo "vivo" depois que você fez uma mesclagem de reintegração. No seu caso, você precisará aplicá-las no sentido inverso, já que o tronco é o ramo "morto". Consulte link para obter detalhes.