Então eu perguntei ao autor do xvkbd - Tom Sato e ele respondeu que o layout pode ser redefinido com Xresources como
xvkbd.NormalKeys: \
F1 F2 F3 F4 F5 F6 F7 F8 F9 F10 F11 F12 BackSpace \n\
Escape 1 2 3 4 5 6 7 8 9 0 - = 4 ' \n\
Tab q w e r t y u i o p [ ] Delete \n\
Control_L a s d f g h j k l ; ' Return \n\
Shift_L z x c v b n m , . / Multi_key Shift_R \n\
MainMenu Caps_Lock Alt_L Meta_L space Meta_R Alt_R Left Right Up Down Focus
xvkbd.ShiftKeys: \
F1 F2 F3 F4 F5 F6 F7 F8 F9 F10 F11 F12 Delete \n\
Escape ! @ # $ % ^ & * ( ) _ + | ~ \n\
ISO_Left_Tab Q W E R T Y U I O P { } BackSpace \n\
Control_L A S D F G H J K L : \" Return \n\
Shift_L Z X C V B N M < > ? Multi_key Shift_R \n\
MainMenu Caps_Lock Alt_L Meta_L space Meta_R Alt_R Left Right Up Down Focus
xvkbd.KeyLabels: \
F1 F2 F3 F4 F5 F6 F7 F8 F9 F10 F11 F12 Backspace\nDelete \n\
Esc !\n1 @\n2 #\n3 $\n4 %\n5 ^\n6 &\n7 *\n8 (\n9 )\n0 _\n- +\n= |\n4 ~\n' \n\
Tab Q W E R T Y U I O P {\n[ }\n] Del\nBS \n\
Control A S D F G H J K L :\n; \"\n' Return \n\
Shift Z X C V B N M <\n, >\n. ?\n/ Com\npose Shift \n\
MainMenu Caps\nLock Alt Meta space Meta Alt left right up down Focus
xvkbd.NormalKeyLabels: \
F1 F2 F3 F4 F5 F6 F7 F8 F9 F10 F11 F12 Delete \n\
Esc 1 2 3 4 5 6 7 8 9 0 - = 4 ' \n\
Tab q w e r t y u i o p [ ] BS \n\
Ctrl a s d f g h j k l ; ' Return \n\
Shift z x c v b n m , . / Comp Shift \n\
MainMenu Caps Alt Meta space Meta Alt left right up down Focus
xvkbd.ShiftKeyLabels: \
F1 F2 F3 F4 F5 F6 F7 F8 F9 F10 F11 F12 Backspace \n\
Esc ! @ # $ % ^ & * ( ) _ + | ~ \n\
Tab Q W E R T Y U I O P { } Del \n\
Ctrl A S D F G H J K L : \" Return \n\
Shift Z X C V B N M < > ? Comp Shift \n\
MainMenu Caps Alt Meta space Meta Alt left right up down Focus
Thoug Eu não testei como já tenho o patch no lugar (o que é super fácil no gentoo) e não tenho motivos para mudar.