O Unetbootin não substituirá os arquivos, a menos que eles tenham o nome exato como um arquivo ou pasta já no sistema de arquivos. Você deve montar o ISO antes de executar o unetbootin para certificar-se de que nenhum dos arquivos atualmente no cartão SD tenha o mesmo nome que os arquivos no ISO. Desta forma, você terá certeza de que nada será sobrescrito.
O Unetbootin irá, no entanto, instalar o SYSLINUX, que irá sobrescrever qualquer carregador de inicialização no cartão SD.