O Ubuntu ficará bem. O kernel detectará e manipulará tudo automaticamente. O Windows, por outro lado, precisa de ajuda para lidar com grandes mudanças.
Com privilégios administrativos, você deve usar o sysprep.
c:\windows\system32\sysprep\sysprep /oobe /generalize
Coloque o acima em um arquivo de lote, clique com o botão direito sobre ele e execute como Administrador. Faça isso antes de desligar o sistema existente pela última vez antes da atualização real.
Após a atualização, na primeira inicialização, o Windows detectará novamente todo o seu hardware.