Eu tenho sorte que o espaço no disco rígido não é um problema, no entanto, existem aplicativos que vêm com a distribuição do Ubuntu que eu nunca vou usar e eu tenho preferências para outros pacotes. Por exemplo, eu uso o K3B e não o Brasero para gravar DVDs. Existe algum problema de LTS ou estabilidade se eu remover pacotes indesejados / não utilizados do meu sistema?
Desde que os pacotes sejam dos repositórios do Ubuntu, você deve estar pronto. Você sempre pode encontrar um bug, é claro, mas nada de errado com seu plano geral.
Se você for personalizar, às vezes é mais fácil começar com uma instalação e configuração mínimas.
Há uma curva de aprendizado com a criação de uma instalação mínima, mas, depois que você pega o jeito, muitas pessoas preferem instalações mínimas.
Por exemplo, o Brasero faz parte do meta pacote Ubuntu-desktop, link , Removendo pacotes parte deste meta -package irá desinstalar o meta-pacote ubuntu-desktop, enquanto isso não faz muita coisa para o seu desktop.
Personalização é o que o linux é, use o programa melhor para você e remova aqueles que você não quer.