Tente executar alsamixer
e procurando por canais que estejam ativados até o máximo.
Pressione F5 (exibir todos os canais) e, em seguida, use as teclas de seta para a esquerda e para a direita para se mover entre os canais e para cima / para baixo para ajustar seus níveis.
Enquanto estiver fazendo isso, fique de olho no medidor de monitoramento de volume de gravação do Audacity. Para sair do alsamixer, clique em "escape".
Geralmente eu encontro um canal que não aparece no mixer da GUI no Gnome que está gravando minha gravação.