Um pouco atrasado, mas dê uma olhada neste artigo .
Seth Vargo explica como ele criou uma pasta com seus ícones personalizados em ~/.custom-icons
e um pequeno script que ele executa toda vez que uma atualização de aplicativo redefine seu ícone.
function replace_icons() {
cp ~/.custom-icons/atom.icns /Applications/Atom.app/Contents/Resources/atom.icns
touch /Applications/Atom.app
sudo killall Finder && sudo killall Finder
}