O qemu não serve para fins de sistema - é um emulador de CPU para fins especiais. Libvirt é uma dependência do qemu. Se o autoremove seleciona-os para remoção, você pode excluí-lo.
O Fedora instala ambos por padrão. Eu não encontrei exatamente para eles, mas yum autoremove os seleciona para autoremoval.
É seguro, para um usuário normal (eu uso principalmente esta máquina para documentos e programação) para desinstalá-los?