Nesse caso, não é necessário usar Terminal=true
no seu arquivo .desktop. Para abrir seu script python no gnome-terminal com um perfil específico ou um tamanho de janela específico, você pode usar:
Exec=gnome-terminal --profile=Profile_name --geometry=widthxheight -e '/path/to/script.py'
Você tem mais outras opções se olhar para man gnome-terminal
.
Além disso, certifique-se de ter essas duas linhas no final do seu script python, se quiser manter o terminal aberto após a conclusão do script:
import os # Use this line only if you have not already imported the os module
os.system("$SHELL")