Clone é o quarto botão à direita da aba chamada "Git Repositories". A GUI que você está vendo não está limpando, explicando que a visualização "Git Repositories" está mostrando uma lista de repositórios locais, que geralmente são criados do zero ou clonados de um repositório remoto. Não é uma lista de repositórios remotos dos quais você pode clonar, e é por isso que "clone" não está nesse menu de contexto. (Não que seja impossível clonar um repositório local, isso não é comum).