Os emuladores de terminal funcionam com uma grade de células: um número inteiro de células, horizontal e verticalmente. É por isso que quando você redimensiona a janela arrastando o canto, ela é redimensionada em etapas extraordinariamente grandes em vez de pixels. (O emulador de terminal do KDE "konsole" é uma exceção notável que você pode redimensionar para qualquer tamanho de pixel, e você verá a mesma barra vazia na parte inferior e direita como no modo de tela cheia do gnome-terminal, mesmo quando o konsole não estiver em tela cheia .)
No modo de tela cheia, o gnome-terminal é forçado para um tamanho que não é um múltiplo do tamanho de suas células de caracteres. Utilitários e aplicativos executados dentro de terminais não têm noção de tais células parciais e não podem desenhar na área restante, simplesmente não existe para eles.
Você pode querer experimentar tamanhos de fonte diferentes, você pode encontrar um em que um número inteiro de células se encaixa (ou pelo menos a lacuna não é tão grande) - mas ele provavelmente quebrará quando você abrir a segunda guia e a barra de guias é exibida.