A solução é incrivelmente simples. Ambos devem instalar o Hamachi, que é uma VPN de software livre que permitirá que você adicione usuários à sua rede VPN e eles possam se comunicar com seu PC diretamente por meio dessa conexão. O Hamachi funcionará via conexão direta entre os clientes ou, se isso for impossível, retransmitirá as conexões (muito parecidas com o funcionamento do skype).
Use apenas a versão gratuita (o que eu acho que limita você a 10 clientes em sua rede VPN, mas isso deve ser suficiente apenas para você e alguns amigos).
Ele atribuirá um novo endereço IP ao seu "Adaptador de rede Hamachi" e esse é o endereço IP que você usará para conectar seu minecraft.
Com essa configuração, você pode estar na sala ao lado um do outro ou na metade do caminho ao redor do mundo. O Hamachi não se importa e os seus PCs parecem estar na mesma rede (rede privada virtual) e podem se comunicar sem problemas. Ele não requer que nenhuma porta seja aberta nos firewalls das escolas, então não se preocupe. Apenas funciona. E é grátis. Difícil de bater isso.
EDIT: Eu acho que você vai querer usar o tipo "Mesh Network" quando você configura as coisas. Isso permitirá que todos os clientes em sua VPN vejam um ao outro.