Você quer dizer fisicamente conectá-los em portas diferentes na placa-mãe? Ele deve estar bem, apenas note que você provavelmente quer ir para a BIOS depois de fazer a mudança e confirmar as unidades e a ordem de inicialização é o que você quer.
Atualmente tenho 5 unidades SATA instaladas e o Windows 7 instalado.
Eu quero reordenar as conexões, ou seja, conectar todas as unidades a diferentes portas. Isso estraga tudo no Windows?