Se seu objetivo é comparar os arquivos, você pode usar diff
diretamente, por exemplo, dessa forma:
diff -r old-dir new-dir
Com uma opção -q
você pode suprimir as diferenças e obter apenas uma lista quais arquivos diferem, ou se alguns arquivos existem somente em um desses diretórios.
$ diff -r old-dir new-dir
Only in old-dir: 2
diff -r old-dir/3 new-dir/3
0a1
> this line was inserted by an evil hacker...
$ diff -rq old-dir new-dir
Only in old-dir: 2
Files old-dir/3 and new-dir/3 differ
Existe também uma interface gráfica, chamada xxdiff , que facilita a exibição das diferenças; Captura de tela da página inicial: