Arquivado um bug no CentOS ( link ) e parece que esse problema está relacionado a esse bug ( link )
O problema é com o pacote xkeyboard-config-2.6-6 que está sendo incluído no CentOS-6.4.
UPDATE: Uma solução alternativa, você pode atualizar todos os pacotes para o CentOS-6.4 e depois executar o comando:
# touch /usr/share/X11/xkb/keymap.dir
Solução antiga: Nesse meio tempo, minha solução é fazer downgrade do pacote para a versão usada no CentOS-6.3 e evitar que ele seja atualizado novamente.
Faça o download do pacote antigo de: link
Força a remoção do novo pacote e instale o pacote antigo:
rpm -e --force xkeyboard-config
rpm -ivh xkeyboard-config-2.3-1.el6.noarch.rpm
Para evitar que o pacote seja atualizado novamente, inclua a seguinte linha em /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo na seção [base].
exclude=xkeyboard-config-*