Eu tive algo muito semelhante ao que aconteceu com o pidgin no passado, embora o apareceu de uma maneira diferente - tela inteira não funcionou corretamente no meu caso.
Simplesmente você tem um aplicativo que está encaixado, mas de alguma forma é invisível, mas seu sistema sabe que está lá e age de acordo. Como tal, o mouse está agindo no aplicativo invisível em vez do visível. Uma solução rápida seria matar o aplicativo do gerenciador de tarefas e reiniciá-lo. O Pidgin eventualmente consertou esse bug, então as chances são de que, uma vez que os desenvolvedores resolvam o problema, ele será resolvido.