Eu tenho o mesmo problema de tela em Mint 13 x64 com Cinnamon. Se este bug for o mesmo problema, aparecerá: "Isso é causado pelo driver proprietário da AMD. Não há nada [o Ubuntu] pode fazer sobre isso. "
Não tenho certeza sobre qual versão do driver, mas instalei-a do repositório de pacotes, não da AMD. Aqui está uma solução que acabei de descobrir que funcionou para várias capturas de tela em sequência: mude para um terminal virtual no modo de texto (Ctrl-Alt-F1 no meu sistema) e depois volte para o X11 (Alt-F8 ou F7 / F9). Se eu tirar a foto logo depois, recebo o conteúdo correto da tela. Uma vez que eu mude de janelas ou algo assim, parece bastante confiável que eu recebo conteúdos antigos.
Se isso faz diferença, eu estava usando Ctrl-Shift-PrtScreen (permite selecionar uma área para recortar e copiar para a área de transferência em vez de para um arquivo) para a maioria dos testes, mas apenas o PrtScreen verificado parece também trabalhe com isso.